科研部门：

核分析科学与技术研究室、核物理研究室、加速器物理与射频技术部、束流测量与控制技术部、机械工程技术部、电源技术部、公用设施技术部、同步辐射实验部、束线工程技术部、建安技术部、加速器与辐射技术研究中心、先进探测仪器研究中心、放射性药物研究中心、新技术研究中心

管理部门：

办公室 、科学研究处 、工程办公室、科技产业化处 、人事教育处 、财务处 、综合资产处 、基建处 、研究生部

技术支撑：

技术安全部、信息中心

后勤服务：

服务中心